モード設定ダイアログの「システム」を開き、その中の「保存時にDOSのEOFをつける」チェックボックスをOFFにして下さい。

デスクトップの再構築（option+commnadキーを押しながらMacを起動する）を試してください。

インストール・設定

（ホームディレクトリ）/ライブラリ/Preferences/mi

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現在、miのデフォルトのキーバインドでは、シフト＋スペースキーには省略入力機能が割り当てられています。
半角スペースを入力するためには、モード設定ダイアログの「キーバインド」を開き、シフト＋スペースキーの動作を「スペース」に設定してください。（シフト＋スペースキーを選択するには、ポップアップメニューにてキーの種類：「機能キー」を選択し、リストから「スペースキー」を選択し、「シフトキー」のチェックボックスをオンにします。）

バージョン2.1.6より、ダブルクリックで選択する文字列を、モード設定の「キーワード」の「単語を校正する文字の設定」に従わせることができるようになったのですが、デフォルトをONにしてしまいました。
この機能が必要ない方（2.1.5以前の動作）は、お手数をおかけして申し訳ありませんが、[mi→モードの設定→各モード]メニューでモード設定メニューを開き、「キーワード」の頁の「ダブルクリック時、ここで設定した文字で構成される単語を選択する」をOFFにしててください。

モード設定

まず、[オプションメニュー→モード設定フォルダを開く]でモード設定フォルダを開きます。モードごとにフォルダがありますので、この中から、移したいモードのフォルダを他のMacにコピーします。

あとは、そのMacでmiを起動し、[オプションメニュー→新規モード（インポート）]で、先程コピーしたのフォルダの下にあるモード設定ファイルを選択すればOKです。

まず、漢字はキーワードには使えません。
記号については、モード設定ダイアログの「キーワード」を開き、その中の「キーワード文字」にその記号を含めておく必要があります。
miでは、行頭から１単語ずつ抜き出し、それぞれ、設定キーワードと一致しているかどうか調べるという方法を用いています。
ここで、１単語とは、
(1) 「キーワード頭文字」または「キーワード文字」から
(2) 次の文字が「キーワード文字」でもなく「キーワード末文字」でもない文字まで
をいいます。
ただし、(3) 「キーワード末文字」があれば、その次の文字が何であってもその文字までを１単語とします。

バージョン2.1b9以降では、原稿用紙のマス目を表示するための設定方法が変更されていますので、旧バージョンからバージョンアップされた場合は設定の変更が必要になります。
モード設定ダイアログの「システム」を開き、その中の「原稿用紙マス目を表示」をOnにして下さい。
フォントサイズに同期してマス目が表示されるようになります。

ツール

miから直接Perlとやりとりするインターフェイスは備えていませんが、AppleScriptを介してPerlを実行することは可能です。
次のAppleScriptは、miから選択文字列を受け取り、Perlへそれを渡し、結果を受け取るサンプルスクリプトです。
（このサンプルのPerlはただ単に受け取った文字列をそのままprintしているだけです。）

on run
tell application "mi"
    set theString to selection object 1 of document 1
end tell
tell application "MacJPerl"
    set theResult to Do Script {"
      print $ARGV[0];
      ", theString} mode Batch
end tell
display dialog theResult
end run

アプリケーション設定ダイアログの「起動アプリケーション」にて、「追加」ボタンを押して下さい。
特定のクリエータ／タイプ／拡張子に対して、開くアプリケーションを指定することが可能です。
この設定は、オプションキーを押しながらツールを選んだ時や、選択部分を開く機能（コマンド＋D）にて有効です。

ツールから正規表現置換機能を利用することが可能です。
次の例を見て下さい。

<<<REPLACE-REGEXP-SELECTED
^
//

これは、選択部分の行頭に文字列"//"を追加するツールです。
REPLACE-REGEXP-SELECTEDは選択部分を正規表現置換するツールコマンドで、次の行に検索文字列（正規表現）、その次の行が置換文字列を記述します。

MacOS7/8/9の場合
デスクトップの再構築（option+commnadキーを押しながらMacを起動する）を試してください。

MacOSXの場合
起動したいWebブラウザが未起動の場合に起動できない、あるいは、Classicアプリが立ち上がってしまう問題がありました。
miバージョン2.1b13以降では、下記のようにして、回避可能です。

１．miのツールメニューから、該当する「ブラウズ(xxx)」を、オプションキーを押しながら選択してください。（ツールを編集します。）
２．下記のような内容になっていると思います。（下記はInternetExplorerの場合）
<<<BROWSE(MSIE)
３．括弧内を、アプリケーションファイル名に書き換えてください。
<<<BROWSE(InternetExplorer)

（正確に言うと、Applicationsフォルダからの相対パス、または、絶対パスを記述してください。拡張子.appはつけてもつけなくてもどちらでも良いです。）

FTP

その他

MacOS9より前のOSの場合（キーチェーンアクセス機能を使わない場合）は、miを再起動してください。

MacOS9以降の場合（キーチェーンアクセス機能を使う場合）は、以下のようにして、キーチェーン機能に登録されたパスワードを削除します。
１．miをいったん終了します。
２．アップルメニューより、コントロールパネル→キーチェーンアクセスを選択します。
３．該当するFTPサーバー名を選択して、削除ボタンを押します。